肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

山东大学学报(医学版) ›› 2011, Vol. 49 ›› Issue (10): 113-117.

肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

李鹏1,张颖2,岳盈盈1,宋楠楠1,李志会1,盖中涛2,孟红1

1.山东省医学科学院基础医学研究所，山东省罕少见病重点实验室，济南 250062；
2.济南市传染病医院，济南 250021

收稿日期:2011-01-19 出版日期:2011-10-10 发布日期:2011-10-10
通讯作者: 孟红(1960- )，女，研究员，主要从事医学病毒学研究。Email：menghyky@yahoo.com.cn
作者简介:李鹏(1980- )，男，硕士，助理研究员，主要从事医学病毒学研究。
基金资助:
国家自然科学基金资助项目(81000720)；山东省自然科学基金资助项目(ZR2010HQ039)

Complete genome sequence analysis of enterovirus 71 JN200804 strain isolated in Shandong Province

LI Peng1, ZHANG Ying2, YUE Ying-ying1, SONG Nan-nan1, LI Zhi-hui1, GAI Zhong-tao2, MENG Hong1

1. Institute of Basic Medicine, Shandong Academy of Medical Sciences, Key Laboratory of Rare and Uncommon Diseases, Jinan 250062, China；2. Jinan Infectious Diseases Hospital, Jinan 250062, China

Received:2011-01-19 Online:2011-10-10 Published:2011-10-10

摘要/Abstract

摘要：

目的探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本，采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列，进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸，与其他EV71毒株相比，在编码区没有核苷酸的缺失和插入，5′ UTR和3′ UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明，JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%，与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明，JN200804株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%，与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树: JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支，核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型，与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。

关键词: 肠道病毒71型；全基因组；同源性分析；遗传进化分析

Abstract:

Objective To explore the gene sequence features of enterovirus 71 (EV71) strain JN200804 isolated in Shandong Province in 2008. Methods The complete genome of JN200804 was amplified, sequenced and analyzed. Results The full length of the EV71 JN200804 genome was 7404 nt (not including the poly A tail). No insertion or deletion was detected in the coding region, but there were several insertions and deletions in the 5′ UTR and 3′ UTR regions. JN200804 showed high nucleotide homology with strains Fuyang/17.08/1, Zhejiang08 and BJ08 (＞95%), but low homology with BrCr (79.8%). At the predicted amino acid sequence level, JN200804 shared the highest homology with Fuyang/17.08/1 (99.6%), and the lowest homology with TW/2086/98 (94.5%). On the phylogenetic tree, JN200804 clustered with reference strains of the subgenogroup C4, with a nucleotide identity of 91.2~99.1%. Conclusion JN200804 belongs to the same genogroup as Fuyang/17.08/1, Zhejiang08 and BJ08 of the subgenogroup C4

Key words: Enterovirus 71; Complete genome; Homology analysis; Phylogenetic analysis

中图分类号:

R373.2

李鹏1,张颖2,岳盈盈1,宋楠楠1,李志会1,盖中涛2,孟红1. 肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析[J]. 山东大学学报(医学版), 2011, 49(10): 113-117.

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参考文献

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